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MATEMATICA COMPUTAZIONALE
Anno accademico 2010/2011
Docente: Prof. Giovanni Manzini
Registro Elettronico delle lezioni. Il corso prevede 32 ore di lezione e 16 di laboratorio (6 crediti). Se non specificato altrimenti le lezioni hanno la durata di due ore. Le lezioni 1-16 sono basate su parti del testo An Introduction to Bioinformatics Algorithms, le lezioni 17-25 sono basate sul capitolo 4 del testo Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology.
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Argomenti della lezione |
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| Lezione 1 9/3/11 |
Introduzione alla biologia molecolare: DNA, RNA, e proteine. |
| Lezione 2 10/3/11 |
Il problema del sorting by reversal. Algoritmo esponenziale per la soluzione ottima. |
| Lezione 3 16/3/11 |
Algoritmo Greedy per il sorting by reversal |
| Lezione 4 23/3/11 (1 ora) |
Introduzione alla programmazione dinamica, il problema del resto. |
| Lezione 5 24/3/11 |
Soluzione del problema del resto in Python (laboratorio), |
| Lezione 6 30/3/11 |
Altri esempi di programmazione dinamica: massima sottosequenza crescente, problema dello zaino. |
| Lezione 7 31/3/11 |
Calcolo della Longest Common Subsequence in Python (laboratorio). |
| Lezione 8 6/4/11 |
Il problema del Manhattan Tourist. Calcolo della similarità tra stringhe. |
| Lezione 9 7/4/11 |
Calcolo della similarità tra stringhe in Python (laboratorio). |
| Lezione 10 13/4/11 |
Allineamento locale. Allineamento con costo affine. |
| Lezione 11 14/4/11 |
RNA secondary structure prediction (laboratorio). |
| Lezione 12 20/4/11 |
Localizzazione di geni. Spliced Alignment (1). |
| Lezione 13 28/4/11 |
Spliced Alignment (2). Hidden Markov models (1) |
| Lezione 14 4/5/11 |
Hidden Markov models (2), algoritmo di Viterbi |
| Lezione 15 5/5/11 |
Esercizio su algoritmo di Viterbi (laboratorio) |
| Lezione 16 11/5/11 |
HMM per riconoscimento CG-islands. Introduzione all'algoritmo Shift-And |
| Lezione 17 12/5/11 |
Algoritmi Shift-And e agrep |
| Lezione 18 18/5/11 |
Conteggio dei match mediante convoluzione ciclica. |
| Lezione 19 19/5/11 |
Implementazione agrep (laboratorio) |
| Lezione 20 25/5/11 |
Calcolo della convoluzione ciclica (1). |
| Lezione 21 26/5/11 |
Calcolo della convoluzione ciclica (2). |
| Lezione 22 1/6/11 (1 ora) |
Prodotto di polinomi e convoluzione ciclica. |
| Lezione 23 1/6/11 |
Implementazione del calcolo della convoluzione ciclica (laboratorio). |
| Lezione 24 8/6/11 |
Algoritmo di Karp-Rabin e fingerprint. |
| Lezione 25 9/6/11 |
Algoritmo di Karp-Rabin e fingerprint (laboratorio) |
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